东方三侠的延续篇，而且三位女性都有了改变，而变化最大的是陈三（杨紫琼），她由杀手变了社会工作者，救人民于水深火热中。一次核爆灾难，把人类陷入恶梦的深渊去，物质缺乏以外，水源亦因辅射的污染而不能饮用，面对这样的灾难，从有一身本领的东方三侠——女飞侠东东（梅艳芳）、陈三、陈七（张曼玉）都显得无能为力。黑武士（黄秋生）是唯一拥有净化水源系统的人，于是他利用职权这个有利因素，欲建立自己的霸业。许多人都在不知不觉之间成为他的棋子，而心地善良的长空（金城武）更被他利用吹棒成反政府的精神领袖，当长空获悉黑武士的阴谋时，他已被列为被铲除之列。另方面陈七在阴差阳错下，累死东东的丈夫刘启文（刘松仁），内疚不已，但已追悔无从。为能减轻罪孽，她誓要求找录水源，希望能破灭黑武士的阴谋。丈夫的死，激发东东再戴起她的面具，不过这次她不是行侠而来，而是为了复仇；黑武士正好利用东东的仇恨心；幸好，最终在陈三的冷静分析下，三人再抱一心，闯出生路。